Plik banku danych białek (PDB) to format pliku używany do przechowywania trójwymiarowych danych biologicznych. Pliki PDB są powszechnie używane do przechowywania danych dotyczących białek, kwasów nukleinowych i innych biomolekuł. Pliki PDB można przeglądać na różne sposoby, w tym za pomocą oprogramowania takiego jak PyMOL i VMD. W systemie Windows 11 możesz otworzyć plik PDB, przechodząc do Eksploratora plików, klikając kartę Widok, a następnie wybierając opcję wyświetlania ukrytych plików i folderów. Po wykonaniu tej czynności powinieneś być w stanie zlokalizować plik PDB, który chcesz wyświetlić. Pliki PDB są ważnym narzędziem dla naukowców pracujących z biomolekułami, ponieważ pozwalają na wizualizację i analizę danych w trzech wymiarach. Zrozumienie, jak otwierać i przeglądać pliki PDB, jest zatem ważną umiejętnością dla każdego, kto pracuje w dziedzinie bioinformatyki lub biologii obliczeniowej.
Pliki Protein Data Bank (PDB). to trójwymiarowe pliki molekularne, które przechowują struktury molekularne. Teraz, jeśli zastanawiasz się, jak otworzyć takie pliki na komputerze, ten post Cię zainteresuje. Tutaj szczegółowo omówimy pliki PDB i sposób przeglądania takich plików w systemie Windows 11/10. Więc bez zbędnych ceregieli, sprawdźmy to!
Co to jest plik Protein Data Bank (PDB)?
Bank danych o białkach (PDB) to baza danych zawierająca dane strukturalne 3D dotyczące białek, kwasów nukleinowych i innych dużych cząsteczek. Plik z PKB Rozszerzenie pliku to w zasadzie plik zawierający dane związane ze strukturą cząsteczki biologicznej 3D. Dane obejmują współrzędne atomowe, struktury atomowe, łączność atomową, strukturę białek, strukturę kwasów nukleinowych i wiele innych. Zawiera również eksperymentalne metadane.
Ten format pliku jest szeroko stosowany w bioinformatyce do wymiany współrzędnych białek. Zawiera tysiące linii opisujących strukturę białka. Teraz, jeśli chcesz czytać lub przeglądać pliki PDB na komputerze z systemem Windows, musisz użyć dedykowanego narzędzia innej firmy, ponieważ nie ma do tego natywnej aplikacji. W tym poście omówimy różne sposoby przeglądania pliku PDB w systemie Windows 11/10.
Jak wyświetlić plik Protein Data Bank (PDB) w systemie Windows 11?
Istnieją dwa sposoby przeglądania pliku Protein Data Bank (PDB) w systemie Windows 11/10, a mianowicie:
- Użyj bezpłatnego oprogramowania do przeglądania plików PDB.
- Wypróbuj bezpłatne narzędzie online do odczytu plików PDB.
1] Użyj bezpłatnego oprogramowania do przeglądania plików PDB.
Możesz użyć oprogramowania Windows innej firmy, które umożliwia otwieranie i przeglądanie plików PDB. Dostępnych jest kilka bezpłatnych aplikacji komputerowych dla systemu Windows, które można wypróbować. Oto kilka dobrych, których możesz użyć:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- kumol
- Cząsteczka
- RasMol
A] IKmol
IQmol to darmowy edytor molekularny i oprogramowanie do wizualizacji typu open source dla systemu Windows 11/10. Korzystając z niego, możesz przeglądać PDB, a także różne inne pliki cząsteczek 3D, takie jak MOL, SMI, CUBE, XYZ itp. W tym oprogramowaniu można znaleźć wszystkie ważne narzędzia do wizualizacji molekularnej. Narzędzia te wahają się od podstawowych do zaawansowanych. Oprócz przeglądania pliku PDB możesz także edytować strukturę molekularną.
Umożliwia jednoczesne otwieranie wielu plików PDB i przeglądanie ich wszystkich w tym samym czasie. W panelu Widok modelu możesz włączyć lub wyłączyć renderowanie jednego lub więcej plików PDB.
Główne cechy IQmolu:
Funkcje tej bezpłatnej przeglądarki plików PDB o otwartym kodzie źródłowym, na które możesz spojrzeć, to:
- Możesz znaleźć wszystkie standardowe narzędzia do przeglądania plików, w tym powiększanie/pomniejszanie (kółkiem myszy), przesuwanie, obracanie, pełny ekran, resetowanie widoku, wyświetlanie osi itp.
- Pozwala dostosować wygląd modelu poprzez edycję parametrów, takich jak shader, oświetlenie otoczenia, rozproszenie, siła mgły, światła, intensywność szumu, parametry POV-Ray itp.
- Możesz także dodać etykiety atomowe, takie jak masa atomu, ładunek częściowy, NMR, gęstość spinu itp.
- Pozwala to dostosować ustawienia aparatu do własnych upodobań. Możesz dostosować projekcję kamery, pozycję itp.
- mieć wygodny Automatyczne obracanie funkcja pozwalająca na automatyczne obracanie modelu molekularnego.
- Możesz zapisać aktualną reprezentację struktury białka w formacie obrazu, takim jak PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS itp.
- Pozwala także na konwersję PDB do innych plików cząsteczek za pomocą funkcji „Zapisz jako”. Obsługiwane formaty wyjściowe: XYZ, MOL, MOL2, CML itp.
- Możesz go również użyć Obliczenie funkcje do obliczenia energia struktury molekularnej, siły, skan PES, stan przejściowy, przesunięcia chemiczne, geometria, energia rozkładu, poprawka BSSE, i tak dalej.
Oprócz funkcji przeglądania otrzymujesz specjalne menu Build z zestawem funkcji budowy molekularnej. Funkcje te obejmują dodawanie nowych atomów, wstawianie nowych cząsteczek, minimalizowanie struktury, ustawianie izotopów i wiele innych.
To naprawdę dobre oprogramowanie do modelowania molekularnego, za pomocą którego można wizualizować pliki Protein Data Bank na komputerze. Jeśli Ci się spodoba, pobierz stąd .
Widzieć: Chem4Word to dodatek chemiczny do programu Microsoft Word. .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer to specjalna bezpłatna przeglądarka plików PDB dla systemu Windows 11/10. Pozwala na wizualizację i analizę kilku struktur białkowych jednocześnie. Możesz analizować strukturę białka, strukturę DNA itp. Zawartą w pliku PDB. Oprócz pliku PDB umożliwia także otwieranie i przeglądanie plików MOL i MMCIF.
Po otwarciu pliku PDB na interfejsie wyświetlany jest widok 3D wraz z oknem panelu sterowania. Panel sterowania zawiera informacje ogólne, listę oraz tytuł pliku. Możesz łatwo przesuwać strukturę, obracać ją, powiększać / pomniejszać itp.
Pozwala także pokazać lub ukryć powierzchnię kropki, podstawę, wiązania wodorowe, wektory sił i więcej, zgodnie z własnymi preferencjami. Możesz także wyróżnić różne części za pomocą różnych schematów kolorów, aby lepiej przeanalizować strukturę. Ponadto można korzystać z funkcji wyświetlania, takich jak Renderowanie w Solid 3D, Renderowanie POV, Wyświetlanie etykiet i innych.
Oprócz narzędzi do wizualizacji otrzymujesz również wiele funkcji modelowania molekularnego. Ponadto oferuje również obliczanie energii, obliczanie wiązań wodorowych, analizę domen, wykrywanie domen, tworzenie motywów 3D, budowanie symetrii krystalograficznej i inne narzędzia.
Możesz go pobrać z Oficjalna strona .
Czytać: Najlepsze darmowe oprogramowanie do analizy zasilania dla systemu Windows 11/10.
C] Q mol
kumol to kolejna bezpłatna przeglądarka plików PDB dla systemu Windows 11/10. Jest to narzędzie do wizualizacji struktury makrocząsteczkowej, za pomocą którego można przeglądać pliki PDB. Inne pliki, które można w nim otwierać i przeglądać, to DX, MAP, MTZ, CNS itp.
Pozwala przełączać się między widokami perspektywicznymi i prostopadłymi, obracać model, powiększać/pomniejszać itp. Możesz renderować model za pomocą POV-Ray i jego metod renderowania animacji. Wyrenderowaną strukturę można zapisać w formacie PNG. Dostępne jest również narzędzie pomiarowe, które umożliwia pomiar odległości, kąta i skręcenia w modelu.
Możesz także znaleźć dodatkowe narzędzia do dalszej analizy struktury białek. Narzędzia te obejmują Superpozycja molekularna, obcinanie powierzchni Mol, generowanie powierzchni Mol, edytor wiązań molowych, analiza interakcji, animacja morfingu molowego, i tak dalej.
Jest to dobre oprogramowanie do wizualizacji i analizy struktury białek obecnych w plikach PDB.
Widzieć: Opcja .LIT # Jak przekonwertować LIT na EPUB lub MOBI w systemie Windows?
oprogramowanie do tworzenia kopii zapasowych poczty e-mail
D] Cząsteczki
Kolejną przeglądarką plików PDB na tej liście jest Molekel. Jest to dość stare, ale potężne oprogramowanie do wizualizacji molekularnej, które umożliwia otwieranie i przeglądanie plików PDB. Możesz znaleźć wiele narzędzi do wizualizacji i analizy molekularnej, które pozwalają analizować struktury białek.
Pozwala dostosować wyświetlanie cząsteczek, atomów, wiązań, reszt itp. Dla każdego z nich można wybrać różne typy wyświetlania, takie jak Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Drut, Stick, Linear Tape itp. Dodatkowo możesz dostosować właściwości widoku 3D, pokazać/ukryć obwiednie, użyć shaderów itp. Umożliwia przeglądanie pliku PDB poprzez zmianę gęstości elektronowej powierzchni struktury i dodanie do struktury powierzchni dostępnej dla rozpuszczalnika.
możesz znaleźć Animacja w nim funkcję odtwarzania animacji struktury cząsteczki. Posiada również specjalne menu „Analiza” z odpowiednimi narzędziami. Za pomocą narzędzi analitycznych można określić dane siatki, gęstość rotacji, molekularny potencjał elektrostatyczny, widmo emisji, odległość, kąt i inne parametry struktury.
Umożliwia także konwersję plików PDB do różnych formatów plików. Formaty te obejmują PDF, PS, EPS i obraz. Jeśli ci się spodoba, możesz go zdobyć Tutaj .
Czytać: Aplikacja Complete Anatomy jest warta pobrania dla systemu Windows. .
E] Rasmol
Możesz także użyć RasMol do przeglądania plików PDB w systemie Windows 11/10. Jest to darmowe oprogramowanie o otwartym kodzie źródłowym, które umożliwia wizualizację i analizę struktur molekularnych. Obsługuje również otwieranie i przeglądanie innych plików, takich jak MOL, XYZ, CIF, MOPAC itp.
Pozwala zobaczyć konstrukcję jako ramę, osnowę, pręty, wstęgi, splotki itp. Możesz także wyróżnić różne części konstrukcji różnymi kolorami. Pozwala również pokazać lub ukryć atomy wodoru, heteroatomy, cienie, etykiety itp. zgodnie z własnymi preferencjami. Możesz także mierzyć odległość, skręcanie, kąt i inne wartości w konstrukcji.
To oprogramowanie jest dostępne Tutaj .
Widzieć: Najlepsze darmowe oprogramowanie do analizy anatomii człowieka 3D dla systemu Windows.
2] Wypróbuj bezpłatne narzędzie online do odczytu plików PDB.
Możesz także użyć bezpłatnego narzędzia online do otwierania i przeglądania plików PDB. Wystarczy otworzyć stronę w przeglądarce internetowej i pobrać plik PDB, aby go obejrzeć. Oto kilka dobrych darmowych przeglądarek PDB online, które możesz wypróbować:
- WPB RCSB
- Molsoft
A] RCSB WPB
system Windows nie może uruchomić usługi zasad diagnostycznych
Możesz użyć tego bezpłatnego narzędzia online o nazwie RCSB PDB do wizualizacji plików Protein Data Bank. Pozwala zaimportować plik PDB, a następnie zwizualizować i przeanalizować jego strukturę molekularną.
Możesz znaleźć podstawowe funkcje wizualizacji, takie jak powiększanie, obracanie, zaawansowane przełączanie widoku portu, resetowanie kamery, przełączanie trybu wyboru itp. Pozwala także dostosować niektóre ustawienia lub opcje sterowania, takie jak tryb kamery (perspektywiczny lub prostopadły), kolor tła, /wyłączony. wyłącz okluzję, włącz/wyłącz mgłę, przycinanie, lokalizację itp.
Pochodzi z Animować funkcjonować. Używając tego, możesz automatycznie obracać strukturę białka. Dzięki temu możesz dostosować prędkość i kąt obrotu. Otrzymasz również dedykację Pomiar w nim narzędzie. Za pomocą tego narzędzia możesz znaleźć wiele wartości, takich jak odległość, orientacja, kąt i inne.
Oprócz tych funkcji dostępnych jest kilka innych przydatnych narzędzi: wyszukiwanie motywów struktur, dodawanie komponentów, eksport animacji, eksport geometrii (STL, OBJ itp.) oraz eksport modeli.
Podsumowując, jest to naprawdę dobra, bezpłatna przeglądarka PDB online ze świetnym zestawem narzędzi do wizualizacji. Możesz spróbować Tutaj .
B] Molsoft
Molsoft to kolejne narzędzie online, którego można użyć do wizualizacji struktur PDB. Jest to prosta przeglądarka plików PDB z podstawowymi funkcjami. Najpierw otwórz Strona internetowa i kliknij opcję menu z trzema pasami. Następnie wybierz opcję „Otwórz”, aby zaimportować lokalnie zapisany plik PDB lub przesłać plik z Dysku Google. Po wybraniu pliku w przeglądarce zostanie wyświetlona struktura molekularna.
Możesz użyć różnych trybów widoku, aby zwizualizować strukturę. Widoki te obejmują model szkieletowy, fosfokinazę kreatynową (CPK), kulkę i pręt, wstążkę i inne. Możesz łatwo przełączać się między tymi trybami widoku, aby dostosować je do swoich wymagań. Ponadto umożliwia włączanie i wyłączanie etykiet atomów, etykiet pozostałości, wiązań wodorowych i miejsc w celu lepszego zrozumienia struktury.
Zapewnia również narzędzia pomiarowe. W modelu można mierzyć odległość, kąt płaski i kąt skrętu. Ponadto dostępna jest przydatna funkcja Koloruj według, która umożliwia kolorowanie struktury według typu atomu, łańcucha, wyrównania, struktury drugorzędowej itp.
To kolejna dobra przeglądarka plików PDB online, którą możesz wypróbować za darmo.
Jak pobrać plik PDB z Protein Data Bank?
Aby pobrać plik PDB z Protein Data Bank, można wejść na stronę Protein Data Bank, wpisać i wyszukać nazwę białka lub makrocząsteczki, np. hemoglobina ludzka, chitynaza itp. Następnie wybrać plik z wyników wyszukiwania i użyj opcji pobierania, aby pobrać plik PDB. Tak proste jak to.
Jak przeglądać struktury PDB?
Struktury molekularne PDB można przeglądać za pomocą dedykowanego narzędzia online lub aplikacji. Możesz wypróbować bezpłatne oprogramowanie, takie jak IQmol, Swiss-PdbViewer i CueMol, aby wizualizować i analizować struktury PDB na swoim komputerze. Jeśli wolisz korzystać z narzędzia online, istnieje wiele opcji. Na przykład wypróbuj usługi sieciowe, takie jak RCSB PDB i Molsoft. Są to bezpłatne przeglądarki plików PDB online, które zapewniają zaawansowane narzędzia do wizualizacji i analizy molekularnej.
Jak przekonwertować plik PDB do PDF?
Aby przekonwertować plik PDB na PDF, możesz użyć tej bezpłatnej aplikacji komputerowej o nazwie Molekel. Zapewnia specjalną opcję „Zapisz do PDF”, która umożliwia konwersję pliku PDB do formatu PDF. Możesz otworzyć plik PDB, a następnie kliknąć „Plik” > „Zapisz w PDF”, aby przekonwertować PDB na PDF. Omówiliśmy szczegółowo to oprogramowanie w tym poście, sprawdź to powyżej.
To wszystko.
Teraz przeczytaj: Najlepsze bezpłatne oprogramowanie do modelowania molekularnego dla systemu Windows.
